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商品详情
商品亮点
- 鲲鹏兼容:在鲲鹏云服务器正常运行
- 保持原生:基于社区开源组件的官方源码编译安装
- 版本自由:采用稳定的Wtdbg2版本
商品说明
版本:
V1.0
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交付方式:
镜像
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适用于:
Linux
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上架日期:
2020-04-23
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Wtdbg2是从头序列装配器,用于由PacBio或Oxford Nanopore Technologies(ONT)产生的长噪声读取。它组装原始读取而不进行纠错,然后从中间组装输出建立共识。Wtdbg2能够以比CANU和 FALCON快几十倍的速度组装人类甚至32Gb Axolotl基因组,同时产生可比的碱基精度的重叠群。
在组装过程中,wtdbg2印章读取为1024bp的段,将相似的段合并为一个顶点,并根据读取时的段邻接关系连接顶点。所得图称为模糊Bruijn图(FBG)。它类似于De Bruijn图,但在折叠k-mers时允许不匹配/缺口,并保持读取路径。FBG的使用将wtdbg2与大多数长时间读取的汇编程序区分开。
Wtdbg2是一个三代测序数据(同时适用于pacbio和nanopore)denovo组装软件,它是一款基于C语言开发的开源软件。相较于其他三代数据组装软件(Canu,smartdenovo,miniasm,FALCON,FALCON-unzip),优点如下:
安装简单(反例FALCON,安装过程非常复杂)
使用简单,可用“run_wtdbg_assembly.sh”脚本生成运行脚本
内存及存储占用少
语言:C/C++
一句话描述:三代基因测序组装软件
开源协议:GPL 3.0
商品定价
华南-广州
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服务支持
使用指南
Wtdbg2鲲鹏镜像使用手册.docx
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服务邮箱:yangfudong@huawei.com
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