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商品详情
商品亮点
- 鲲鹏兼容:在鲲鹏云服务器正常运行
- 保持原生:基于社区开源组件的官方源码编译安装
- 版本自由:采用稳定的Minimap2版本
商品说明
版本:
V1.0
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交付方式:
镜像
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适用于:
Linux
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上架日期:
2020-04-23
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Minimap2是一种多功能序列比对程序,可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库对齐。
Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具,它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上。
Minimap2是一种快速的序列作图和比对程序,可以发现长噪声读数之间的重叠,或将长读数或其装配映射到参考基因组,并进行详细比对(例如CIGAR)。目前,它可以有效处理长度从几千个碱基到约100兆碱基的查询序列,错误率约为15%。Minimap2以PAF或SAM格式输出。在有限的测试数据集上,minimap2的速度比大多数其他长读取定位器快20倍以上。它将代替BWA-MEM进行长时间读取和重叠群对齐。
Minimap2是minimap的后继者。它采用了类似的基于极小的索引和播种算法,并改善了与homopolyer压缩的k聚体的原始小地图(见SMARTdenovo和longISLND),更好地链接并能够快速扩展对准农产品CIGAR(见libgaba和ksw2)和分段仿射差距成本。
minimap2的主要思想是:首先将基因组序列的minimizer存储在哈希表中(minimizer指一段序列内最小哈希值的种子);然后对于每一条待比对序列, 找到待比对序列所有的minimizer,通过哈希表找出其在基因组中的位置, 并利用chaining算法寻找待比对区域;最后将非种子区域用动态规划算法进行比对,得到比对结果。minimap2方法只对最小哈希值的种子进行存储,可有效降低时间复杂度。
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华南-广州
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